日本キリスト教会は、1951年春日本基督教団から離脱した39の教会・伝道所が、三つの中会（プレスビテリー）を形成して、同年５月創立大会を開き、旧日本基督教会の信仰告白と憲法規則を継承し、その名称を踏襲して歩み出した教会です。当時日本基督教団は信仰告白的一致の無いままに諸教派が合同した戦時下の状態を持ち続けていましたから、旧日本基督教会系諸教会は共通する信仰と制度の交わりの中で共に伝道し教会を形成することを願ったのでしたが、その道が閉ざされたために、このようにして新しく歩み出したのです。従って、信仰的には改革教会、教会制度上は長老教会の伝統を受け継いでいます。今日136の教会・伝道所が、四中会を形成しています。
　1953年10月第３回大会で、旧日本基督教会の信仰告白に改革教会の特色を加えた信仰告白と、憲法規則を制定しました。同時に教会立神学校の設立を決議し、1955年４月に開校、以来100名近い牧師伝道者を輩出して現在に至っています。また、旧日本基督教会の自給独立の気風を受け継いで各教会はもとより中会、大会の伝道局を中心に伝道を推し進めると共に、公同の教会に属する群れとしていち早く世界改革教会連盟に加盟し、その東北アジア部会でも責任を果たしています。
　キリストの主権を尊ぶ改革教会の一員として、また、戦時下の教会の罪責を踏まえて、靖国問題については教会の課題としてこれを担い、また、戦時下韓国・朝鮮の教会に神社参拝を強要したことに謝罪を表明し、戦時下日本基督教会に「併合」したことについての罪責と新しい歩みを願って在日大韓基督教会と宣教協約を結んでいます。
　1995年10月第45回大会で憲法規則を改正し、日本キリスト教会が改革教会の信仰を受け継ぐことを確認すると共に、独立教会と伝道所からなる日本キリスト教会としての基礎固めをし、2000年10月第50回大会を迎え、21世紀に踏み出しています。
　信仰告白的教会であることを願い、その信仰が全教会的なものとなるために長老制を採用し、それにキリストの体としての教会として独立性と公同性を尊重して、歩みを進めています。